各自的权限范围内部有调动巡检官军的权力，督抚尽管可以在自己的辖区内调动这些巡检官军，但是一样也要受到从刑部到府州县官员的制衡，这就是使得督抚在军事上的权力受到极大的制约。

督抚从战事的直接指挥者转而变成了监督和后勤负责的官员，主要负责在战时为朝廷常备官军提供后勤支持，协助官军作战，所以现在督抚在军事上已经很难对朝廷构成威胁了。

而以前另外一个地方督抚让朝廷不放心的就是钱粮问题了，因为之前朝廷直接掌握的财源不多，主要就是盐税，但是田赋等仍然是朝廷财政收入的主要来源，而对于朝廷来说，这些赋税是有赖于地方向朝廷转运的，也就是所谓的起运和留存了。